OBRIGATÓRIAS
EVD 001: Biodiversidade: de organismos a ecossistemas
Ementa:
Propriedades e fatores que estabelecem e mantêm a diversidade nos diferentes níveis de organização em ecologia: organismos, populações, comunidades, ecossistemas, paisagens e biomas. 1-Conceitos de organismos e de populações. 2-Crescimento populacional independente e dependente de densidade. 3-Distribuição das populações no espaço e tempo (séries temporais). 4-Tamanho populacional mínimo viável. 5-Fatores de regulação populacional. 6-Conceitos de comunidades e de ecossistemas. 7-Importância de fatores abióticos e bióticos na estrutura de comunidades. 8-Modelos nulos em ecologia de comunidades. 9-Dinâmica de comunidades: sucessão ecológica. 10-Fluxo de energia, estrutura e funcionamento de ecossistemas. 11-Diversidade biológica em comunidades e ecossistemas. 12-Conceitos de paisagens e de biomas (escala geográfica). 13-Estrutura de paisagens. 14-Fragmentação, metapopulações e metacomunidades. 15-Regiões e Províncias biogeográficas. 16-Macroecologia. 17-Diversidade em paisagens e em escala geográfica.
TPI: 6-0-12
Bibliografia:
Begon, M.; Mortimer, M.; Thompson, D. J. 1996. Population ecology: a unified study of animals and plants, 3 ed. Blackwell Publishing, Oxford.
Begon, M.; Townsend, C. R.; Harper, J. L. 2007. Ecologia: de indivíduos a ecossistemas, 4 ed. Artmed, Porto Alegre.
Forman, R. T. T. & Godron, M. 1986. Landscape ecology. Wiley, London.
Gaston, K.; Blackburn, T. 2000. Pattern and process in macroecology. Blackwell, London.
Gotelli, N. J. 2007 Ecologia. Ed. Planta, Londrina.
Morin, P. J. 2011. Community ecology, 2nd ed. Wiley-Blackwell, Oxford.
Odum, E. & Barret, G. W. 2005. Fundamentals of ecology. 5th ed. Brooks/Cole.
Ricklefs, R. E.; Miller, G. L. 1999. Ecology. W. H. Freeman & Co., New York.
Rockwood, L. L. 2006. Introduction to population ecology. Blackwell Publishing, Oxford.
Rosenzweig, M. L. 1995. Species diversity in space and time. Cambridge University, Cambridge.
Turner, M. G.; Gardner, R. H.; O’Neill, R. V. 2001. Landscape ecology in theory and practice: pattern and process. Springer, New York.
Vandermeer, J. H. & Goldberg, D. E. 2003. Population ecology: first principles. Princeton University Press, Princeton.
EVD 002: Ecologia Evolutiva
Ementa:
Ecologia evolutiva é o estudo de processos evolutivos que operam sobre a interação entre populações e fatores ambientais (bióticos e abióticos), contribuindo para a origem e manutenção da diversidade biológica. Tópicos abordados: Conceitos básicos em Evolução. Ciclos vitais. Forrageamento. Seleção Sexual. Evolução de interações ecológicas. Evolução e conservação biológica. 1-Conceitos básicos em Evolução = Seleção Natural, Deriva Genética, Aptidão darwiniana (“fitness”), Adaptação e Especiação; 2-Ciclos vitais = Demandas Conflitantes (“trade-offs”): Crescimento X Longevidade X Reprodução, Idade X Tamanho na Maturidade, Número X Tamanho de Descendentes, Senescência, Restrições Filogenéticas; 3-Ecologia Comportamental: Forrageamento. Vida em grupo. Luta e avaliação. Introdução à Teoria de Jogos; 4-Seleção Sexual = Sistemas de Acasalamento, Cuidado Parental; 5-Interações ecológicas = Coevolução, Competição, Predação e Parasitismo, Cooperação e Mutualismo, Sociedades; 6-Evolução e conservação biológica = subsídio para ações preservacionistas.
TPI: 6-0-12
Bibliografia:
Alcock, J. 2010. Comportamento animal: uma abordagem evolutiva. Artmed, Porto Alegre.
Begon, M.; Mortimer, M.; Thompson, D. J. 1996. Population ecology, 3 ed. Blackwell, Oxford.
Begon, M.; Townsend, C. R.; Harper, J. L. 2007. Ecologia: de indivíduos a ecossistemas, 4 ed. Artmed, Porto Alegre.
Danchin, E.; Giraldeau, L. A.; Cézilly, F. 2008. Behavioural ecology: an evolutionary perspective on behaviour. Oxford University Press, Cambridge.
Del-Claro, K. 2010. Introdução à ecologia comportamental. Technical Books, Rio de Janeiro
Fox, C. W.; Roff, D. A.; Fairbairn, D. J. 2001. Evolutionary ecology: concepts and case studies. Oxford University Press, New York.
Freeman, S; Herron, J. C. 2009. Análise evolutiva. 4 ed. Porto Alegre, Artmed.
Futuyma, D. J. 2009. Biologia evolutiva, 3 ed. FUNPEC, Ribeirão Preto.
Krebs, J. R.; Davies, N. B. 1996. Introdução à ecologia comportamental. Atheneu, São Paulo.
Pianka, E. R. 1994. Evolutionary ecology, 5 ed. Harper Collins, New York.
Ricklefs, R. E.; Miller, G. L. 1999. Ecology. W. H. Freeman & Co., New York.
Ridley, M. 2006. Evolução, 3 ed. Porto Alegre: Artmed.
Stearns, S. C.; Hoekstra, R. F. 2003. Evolução: uma introdução. Atheneu, São Paulo.
EVD 003: Sistemática filogenética
Ementa:
Histórico e bases filosóficas da Sistemática. Métodos e conceitos da inferência filogenética. Histórico da Sistemática; Importância do conceito de monofiletismo para a biologia comparada; Escolas de pensamento sistemático; Conceitos de homologia, homoplasia, caráter, apomorfia, plesiomorfia; Tipos de caracteres (binários, multiestados, ordenados e não-ordenados); Bases filosóficas dos diferentes métodos de inferência filogenética; Codificação de caracteres; Grupos-externos, enraizamento e polarização; Otimização de caracteres, Codificação e montagem de matrizes. Análise de congruência; Algoritmos de busca (exatos e heurísticos); Introdução aos softwares de análise filogenética; Consenso de árvores; Comprimento de árvores, índices de consistência e retenção; Medidas de suporte: bootstrap, jacknife, suporte de Bremer; Análise de sensibilidade; Papel dos missing values; Dados paleontólogicos. Dados morfológicos versus dados moleculares. Dados de ontogenia; Pesagem de caracteres; Análise filogenética de dados moleculares: alinhamentos de sequências de DNA e proteínas, Análises baseadas em modelos (Análise Bayesiana e Análise de Verossimilhança); Aplicações dos métodos, conceitos e resultados da análise filogenética em estudos sobre biodiversidade: teste de cenários evolutivos, evolução de caracteres ecológicos e comportamentais, diversidade e conservação de linhagens, análises espaciais de diversidade filogenética, utilização da informação filogenética em decisões sobre conservação da biodiversidade e tratamento de questões estratégicas (e.g. agropecuária e saúde).
TPI: 6-0-12
Bibliografia:
Amorim, D. S. 2002. Fundamentos de sistemática filogenética. Editora Holos, Ribeirão Preto.
de Pinna, M. C. C. 1991. Concepts and tests of homology in the cladistic paradigm. Cladistics, 7:367-394.
Brooks, D. and McLennan, D. A. 1991. Phylogeny, Ecology, and Behavior: a research program in comparative biology. University of Chicago Press.
Farris, J. S. 1983. The logical basis of phylogenetic analysis. In: Platnick, N. I.; Flunk, V.A. (Eds.), Advances in cladistics, vol. 2, Columbia. University Press, New York, p.7-36.
Goloboff, P. A. 1993. Estimating character weights during tree search. Cladistics, 9:83-91.
Grandcolas, P. 1997. The Origin of Biodiversity in Insects: Phylogenetic Tests of Evolutionary Scenarios. Memoires du Museum National d’Histoire Naturelle, 173.
Hennig, W. 1966 [1979]. Phylogenetic systematics. University of Illinois Press, Urbana.
Hull, D. L. 1988. Science as a process: an evolutionary account of the social and conceptual development of science. University of Chicago Press, Chicago.
Huson, D and Bryant, D. 2006. Applications of Phylogenetic Networks in Evolutionary Studies. Molecular Biology and Evolution, 2: 254-267.
Kitching, I. J.; Forey, P. L.; Humphries, C. J.; Williams, D. M. 1998. Cladistics: the theory and practice of parsimony analysis. Oxford University Press, second edition.
Nelson, G.; Platnick, N. I. 1981. Systematics and biogeography: cladistics and vicariance. Columbia University Press, New York.
Nixon, K. C.; Carpenter, J. M. 1993. On outgroups. Cladistics 9:413-426.
Schuh, R. T.; Brower, A. V. Z. 2009. Biological systematics: principles and applications. Cornell University Press, Ithaca
Wiley, E. O.; Lieberman, B. S. 2011. Phylogenetics: theory and practice of phylogenetic systematics, 2 ed. Wiley-Blackwell, Hoboken.
Williams, D. M.; Forey, P. L. 2004. Milestones in systematics. CRC Press.
EVD 004: Estágio em Docência (MESTRADO)
TPI: 2-0-0
EVD 005: Estágio em Docência (DOUTORADO)
TPI: 2-0-0
OPTATIVAS
EVD 101: Curso de campo
Ementa:
A disciplina “Curso de Campo” tem como objetivo principal fornecer aos alunos uma oportunidade para aplicação prática de conceitos teóricos de metodologia científica, análise de dados, redação científica e apresentação oral em várias disciplinas que se dedicam aos estudos sobre Evolução e Diversidade. Para isso, ao longo de cada curso, os alunos desenvolverão pequenos projetos que terão como tema central as interações entre os organismos e também com o ambiente. Os alunos serão introduzidos às principais teorias e ideias vigentes e então estimulados a propor questões que possam ser respondidas através de descrições e/ou experimentações por meio do desenvolvimento de seus projetos interdisciplinares com análises de amplitude variada. Espera-se, com esta conduta, produzir uma interação complementar entre docentes, linhas de pesquisa e disciplinas como Ecologia, Sistemática (Botânica e Zoologia), Evolução e Biologia Molecular. Os alunos terão a oportunidade de percorrer todo o caminho da produção científica, desde a observação de fatos, formulação de perguntas (hipóteses), registros de dados, descrições e experimentações em campo e laboratório, até a discussão, redação e apresentação de relatórios e/ou artigos, experimentando metodologias e visões diferentes, com um maior intercâmbio entre as diferentes disciplinas, proporcionando a base para a interdisciplinaridade. Esta disciplina será dividida em três módulos:
Módulo I (duração de uma semana) – Realizado na Instituição. Será composto da apresentação da disciplina e revisão dos principais conceitos teóricos que deverão ser abordados durante as atividades práticas, além do planejamento de expedições; uso de mapas e GPS; legislação básica que regulamenta as atividades de coleta ou manutenção de organismos; técnicas de coleta, anestesia, fixação e conservação de organismos e demais procedimentos em campo; importância de coleções científicas; noções de amostragem etc.
Módulo II (duração de duas semanas) – Realização das atividades práticas in loco no campo (ambientes terrestres, aquáticos dulcícolas ou marinhos costeiros). Definição dos projetos de pesquisa, coleta de dados e/ou de material biológico, experimentação em Ecologia e Sistemática (Botânica, Zoologia e Microbiologia). Elaboração de hipóteses e modelos em Ecologia.
Módulo III (duração de uma semana) – Realizado na Instituição. Análises moleculares com material coletado. Análise dos dados, redação dosrelatórios e apresentação dos trabalhos.
TPI: 4-4-16
Bibliografia:
Altmann, J. 1974. Observational study of behavior: sampling methods. Behavior 49: 227-265.
Bertness, M. D.; Gaines, S. D.; Hay, M. E. 2001. Marine community ecology. Sinauer Associates, Inc.
Bridson, D; Forman, L. 1998. The herbarium handbook, 3 ed. Royal Botanic Gardens, Kew.
Departamento de Zoologia. 1967. Manual de coleta e preparação de animais terrestres e de água doce. Secretaria da Agricultura do Estado de São Paulo, São Paulo.
Kaufman, P. B. 1983. Practical botany. Reston Publishing, Reston.
Knudsen, J. W. 1966. Biological techniques: collecting, preserving, and illustrating plants and animals. Harper Row, New York.
Krebs, C. J. 1989. Ecological methodology, 2 ed. Benjamin Cummings, Menlo Park.
Lehner, P. N. 1998. Handbook of ethological methods, 2 ed. Cambridge University Press, Cambrigde.
Littler, M. M.; Littler, D. 2008. Handbook of phycological methods, volume 4. Ecological field methods: macroalgae. Cambridge University Press, Cambridge.
Ludwig, J. A.; Reynolds, J. F. 1988. Statistical ecology: a primer in methods and computing. John Wiley Sons, New York.
Magurran, A. E. 2003. Measuring biological diversity. Blackwell, Malden.
Martin, P; Bateson, P. 2007. Measuring behaviour: an introductory guide. 3rd ed. Cambridge University Press, Cambridge.
Metsger, D. A.; Byers, S. C. 1999. Managing the modern herbarium: an interdisciplinary approach. Society for Preservation of Natural History Collections.
Ministério do Meio Ambiente. 2007. Instrução normativa nº 154/2007. IBAMA, Brasília.
Nybakken, J. W. 2004. Marine biology: an ecological approach. 6th ed. Benjamin Cummings.
Papavero, N. 1994. Fundamentos práticos de taxonomia zoológica: coleções, bibliografia, nomenclatura. Editora UNESP e FAPESP.
Sokal, R. R.; Rohlf, F. J. 1994. Biometry: the principles and practice of statistics in biological research, 3 ed. W. H. Freeman & Company, New York.
Underwood, A. J. 1997. Experiments in ecology: their logical design and interpretation using analysis of variance. Cambridge University Press, Cambridge.
Zar, J. H. 2009. Biostatistical analysis, 5 ed. Prentice Hall, Englewood Cliffs.
EVD 102: Análise de dados ecológicos
Ementa:
Estatística descritiva. Formulação e teste de hipóteses. Noções de amostragem em Ecologia. Análises de regressão e correlação. Análise de variância uni e bifatorial. Análise de dados categóricos. Estatísticas não-paramétricas. Técnicas de análises multivariadas e aplicações à ecologia e sistemática. Utilização de planilhas eletrônicas e sofwares para análise e apresentação de dados. 1 – Medidas de posição (média aritimética, média geométrica, moda, mediana, quartis, percentis) de dispersão (desvio padrão, variância, erro padrão e coeficiente de variação) e de forma (assimetria e curtose). 2 – Teste de Hipóteses; Tipos de erros (tipo I e tipo II). 3 – Princípios amostrais; Desenho amostral; Determinação do tamanho da amostra. 4 – Correlação e regressão simples; Regressão múltipla. 5 – Testes para uma e duas amostras. 6 – ANOVA uni e bifatorial; Testes de comparações múltiplas. 7 – Tabelas de contingência; X2, Teste G e Teste exato de Fisher. 8 – Estatísticasnão-paramétricas: Caso de uma amostra; Caso de duas amostras relacionadas e independentes; Caso de k amostras relacionadas e independentes; Medidas de correlação. 9 – Técnicas de classificação: análise de Cluster, TWINSPAN. 10 – Análise de função discriminante. 11 – Técnicas de ordenação e análise de gradientes: análise de componentes principais, análise de correspondência canônica e retificada.
TPI: 4-0-8
Bibliografia:
Bussab, W. O.; Morettin, P. A. 2006. Estatística básica, 5 ed. Saraiva, São Paulo.
Callegari-Jacques, S. M. 2003. Bioestatística: princípios e aplicações. Artmed, Porto Alegre.
Gotelli, N. J.; Ellison, A. M. 2010. Princípios de estatística em ecologia. Artmed, Porto Alegre.
Jongman, R. H. G.; ter Braak, C. J. F.; van Tongeren, O. F. R. 1995. Data analysis in community and landscape ecology. Cambridge Univ. Press, Cambridge.
Larson, R.; Farber, B. 2004. Estatística aplicada. 2 ed.Pearson Prentice Hall, São Paulo.
Legendre, P.; Legendre, L. 1998. Numerical ecology, 2 ed. Developments in Environmental Modelling, 20. Elsevier, Amsterdan.
Magnusson, W.; Mourão, G. 2005. Estatística [sem] matemática: a ligação entre as questões e a análise. Editora Planta, Londrina.
Morettin, L. G. 2010. Estatística básica: probabilidade e inferência. Pearson, São Paulo.
Valentin, J. L. 2000. Ecologia numérica – Uma introdução à análise multivariada de dados ecológicos. Editora Interciência, Rio de Janeiro.
Zar, J. H. 2010. Biostatistical analysis, 5 ed. Pearson, Upper Saddle River.
EVD 104: Biologia comparada e filogenia de Metazoa
Ementa:
Discussão contextualizada de estudos filogenéticos de grandes grupos de animais; avaliação da evolução morfo-funcional em Metazoa considerando-se diferentes hipóteses de relacionamento filogenético entre as principais linhagens de animais. Relação entre a biologia evolutiva do desenvolvimento e compreensão da evolução morfológica de Metazoa. 1- Análise comparativa dos planos corporais de Metazoa (Homologia, Multicelularidade, Tecidos, Sistemas de Órgãos, Tamanho corporal e mudanças evolutivas relacionadas); 2-Planos corporais e Desenvolvimento (Evolução do Desenvolvimento em Metazoa; Genes reguladores do Desenvolvimento) 3-Filogenias morfológicas e moleculares de Metazoa; 4-Registro Fóssil de Metazoa e seu significado evolutivo (Qualidade do Registro Fóssil; Explosão Cambriana; Registro marinho versus terrestre) 5- Síntese dos grandes clados e filos de Metazoa (Diversidade, Classificação, Filogenia, Registro Fóssil).
TPI: 4-0-8
Bibliografia:
Amorim, D. S. 2002. Fundamentos de sistemática filogenética. Editora Holos, Ribeirão Preto.
Brusca, G. J.; Brusca, R. 2007. Invertebrados. Guanabara Koogan, São Paulo.
Minelli, A. 2009. Perspectives in animal phylogeny and evolution. Oxford University Press, New York.
Nielsen, C. 2001. Animal evolution: interrelationships of the living phyla. Oxford University Press, New York.
Ruppert, E. E.; Fox, R. S.; Barnes, R. D. 2003. Invertebrate zoology: a functional evolutionary approach, 7 ed. Brooks Cole, Pacific Grove.
Valentine, J. 2006. On the origin of phyla. University of Chicago Press, Chicago.
EVD 105: Biologia da conservação
Ementa:
Apresentar os conceitos ecológicos que embasam as estratégias conservacionistas e discutir as várias perspectivas e abordagens envolvidos nas ações e planejamento em prol da conservação da biodiversidade. Princípios conservacionistas aplicados a diferentes níveis de diversidade biológica. Conceitos de biodiversidade. Ameaças à biodiversidade. Políticas e estratégias de conservação da biodiversidade. Ecologia da Paisagem. Fundamentos de manejo e restauração. 1-O que é Biologia da Conservação?; 2-Diversidade Biológica: conceitos e medições; 3-Padrões de diversidade global; 4-Valores conservacionistas e ética; 5-Extinção e destruição de habitat; 6-Fragmentação, degradação e poluição de habitat; 7-Introdução de espécies exóticas e Super-exploração; 8-Dispersão de doenças e Problemas de pequenas populações (populações mínimas viáveis); 9-Estratégias de conservação Ex Situ e proteção legal de espécies (listas das espécies ameaçadas – IUCN e Brasil, com enfoque nos estados); 10-Prioridades para proteção, Planejamento e manejo de áreas protegidas (SNUC); 11-Conservação de redes ecológicas de interações mutualistas e antagonistas e o uso de filogenias em estratégicas de conservação; 12- Estabilidade e Resiliência; 13-Ecologia e Conservação de Paisagens; 14-Ecologia de Restauração; 15-Sustentabilidade.
TPI: 4-0-8
Bibliografia:
Begon, M., Harper, J. L.; Townsend, C. R. 2007 Ecologia – de indivíduos a ecossistemas. Artmed, Porto Alegre.
Kormondy, E. J.; Brown, D. E. 2002. Ecologia humana. Atheneu, São Paulo.
Lewinsohn, T. M.; Prado, P. I. 2004. Biodiversidade brasileira. Contexto, São Paulo.
Meffe, G. K.; Carroll, C. R. 2006. Principles of conservation biology, 3 ed. Sinauer, Sunderland.
Primack, R. B.; Rodrigues, E. 2006. Biologia da conservação. Planta, Londrina.
Ricklefs, R. E. 2003. A economia da natureza, 5 ed. Guanabara, Rio de Janeiro.
Rocha, C. F. D.; Bergallo, H. G.; Van Sluys, M.; Alves, M. A. S. 2006. Biologia da conservação: essências. Rima, São Carlos.
Towsend C. R.; Begon, M.; Harper, J. L. 2006. Fundamentos em ecologia, 2 ed. Artmed, Porto Alegre.
EVD 108: Ecofisiologia Vegetal
Ementa:
Estudo da interação ambiente x fisiologia no crescimento e desenvolvimento da planta, considerando estresse hídrico, estresse luminoso e déficit nutricional como principais fatores. Aspectos da fisiologia evolutiva, com ênfase nas adaptações das diferentes espécies à condições adversas. Evolução do metabolismo fotossintético nos diferentes grupos de plantas. Consideração do panorama de mudanças climáticas, para o próximo século, no contexto fisiológico e bioquímico de plantas. 1- Planta e o ambiente. 2- Balanço energético em folhas. 3- Relações hídricas. 4- Fotossíntese e respiração. 5- Uso do carbono e acúmulo de biomassa. 6- Uso de elementos minerais. 7-Influências ambientais no crescimento e desenvolvimento. 8- Estresse em plantas. 9-Papel das plantas nos ecossistemas e processos globais.
TPI: 4-0-8
Bibliografia:
Buchanan, B.B.; Gruissem, W.; Jones, R.L. 2000. Biochemistry and molecular biology of plants. American Society of Plant Physiologists, 1406p.
Larcher, W. 2005. Ecofisiologia Vegetal. Rima Editora, 531p.
Lambers, H; Chapin III, F.S; Pons, T. 2008. Plant Physiological Ecology. 2nd edition. Springer-Verlag, 610p.
Taiz, L. and Zeiger, E. 2010. Plant Physiology (5th edition). Sinauer, 782p.
EVD 109: Ecologia marinha
Ementa:
Introdução a conceitos básicos de biologia marinha, incluindo a caracterização físico-química dos oceanos e as principais interações tróficas relacionadas ao fluxo de energia e matéria entre os organismos. Distribuição horizontal e vertical dos organismos e sua relação com fatores bióticos e ambientais. Exemplos de trabalhos científicos no campo e discussão sobre as principais questões atuais referentes à conservação marinha. 1-Características físico-químicas dos oceanos (temperatura, salinidade, correntes e marés). 2-Divisões do ambiente marinho e costeiro (distribuição geográfica dos ambientes de substratos consolidados – ambientes recifais rochosos e coralíneos; substratos inconsolidados – ambientes lodosos, arenosos e cascalhosos; estuários e manguezais; repartição espacial das comunidades, biogeografia e zonação). 3-Métodos de estudo, coleta e registro de dados no campo (incluindo estudos subaquáticos e amostragens). 4-Diversidade e ecologia de organismos planctônicos (produtividade primária e sustentação dos níveis tróficos superiores). 5- Diversidade e ecologia de organismos nectônicos. 6-Diversidade e ecologia de organismos bentônicos. 7- Comunidades abissais. Fossas termais. 8-Ecologia trófica (comparação com ecossistemas terrestres). 9-Áreas Marinhas Protegidas (metapopulações e dispersão larval). 10- Impactos humanos recentes e conservação marinha.
TPI: 3-1-8
Bibliografia:
Bertness, M. D.; Gaines, S. D.; Hay M. E. 2001. Marine community ecology. Sinauer, Sunderland.
Brusca, R. C.; Brusca G. J. 2007. Invertebrados, 2 ed. Guanabara Koogan, Rio de Janeiro.
Crespo, R.; Soares, A. 2009. Biologia marinha, 2 ed. Interciência, Rio de Janeiro.
Helfman, G. S.; Collette B. B.; Facey, D. E.; Bowen, B. W. 2009. The diversity of fishes: biology, evolution, and ecology, 2 ed. Wiley-Blackwell, Oxford.
Kardong, K. V. 2011. Vertebrados: anatomia comparada, Função e Evolução, 5 ed. Roca, São Paulo.
Kritzer, J. P.; Sale, P. F. 2006. Marine metapopulations. Elsevier, Burlington.
Levinton, J. S. 2008. Marine biology: function, biodiversity, ecology, 3 ed. Oxford University Press, New York.
Murray, S. N; Ambrose, R.; Dethier, M. N. 2006. Monitoring rocky shores. University of California Press, Berkeley.
Nybakken, J. W. 2004. Marine biology: and ecological approach. 6th ed. Benjamin Cummings, Menlo Park.
Pough, F. H.; Janis, C. M.; Heiser, J. B. 2008. A vida dos vertebrados. 4ª ed. Atheneu, São Paulo.
Reviers, B. 2006. Biologia e filogenia das algas. Artmed, Porto Alegre.
Ruppert, E. E.; Fox, R. S.; Barnes, R. D. 2005. Zoologia dos invertebrados: uma abordagem funcional-evolutiva, 7 ed. Roca, São Paulo.
Sale, P. F. 1991. The ecology of fishes on coral reefs. Academic Press, New York.
Sale, P. F. 2002. Coral reef fishes: dynamics and diversity in a complex ecosystem. Academic Press, New York.
EVD 111: Genética de populações e microevolução
Ementa:
Princípios de probabilidade. Detecção e quantificação da variabilidade genética nas populações. Frequências gênicas e genotípicas. Equilíbrio de Hardy-Weinberg. Mecanismos Evolutivos e suas consequências na variabilidade genética das populações; modelos de seleção natural, endogamia, deriva genética, mutações e migrações; tamanho populacional efetivo; teoria neutralista; testes de detecção de neutralidade; distribuição geográfica e estruturação populacional; teoria da coalescência; adaptação e microevolução; relação entre microevolução e macroevolução; genômica. Estrutura genética populacional. Fundamentos da filogeografia. Divergência populacional e especiação. Conceito de espécie.
TPI: 4-0-8
Bibliografia:
Avise, J. C. 2000. Phylogeography: the history and formation of species. Harvard University Press, Cambridge.
Freeman, S.; Herron, J. C. 2009. Análise evolutiva, 4 ed. Artmed, Porto Alegre.
Futuyma, D. J. 2005. Evolution. Sinauer, Sunderland.
Gould, S. J. 2002. The structure of evolutionary theory. Harvard University Press, Cambridge.
Hartl, D. L.; Clark, A. G. 2007. Principles of population genetics, 4 ed. Sinauer, Sunderland.
Ridley, M. 2006. Evolução, 3 ed. Artmed, Porto Alegre.
Ruse, M; Travis, J. 2009. Evolution: the first four billion years. Harvard University Press, Cambridge.
Templeton, A. R. 2006. Population genetics and microevolutionary theory. Wiley, Hoboken.
EVD 112: Genética e evolução molecular
Ementa:
Estrutura e propriedades físico-químicas dos ácidos nucléicos. Os mecanismos moleculares da transmissão dos caracteres hereditários, mutação e mecanismos de reparo do DNA. Mecanismos de controle da expressão gênica em procariontes e eucariontes e a metodologia do DNA recombinante. Organização e evolução de genomas, genes e proteínas. Utilização de técnicas de bioinformática para estudos de evolução molecular. 1.Estrutura e propriedades físico-química dos ácidos nucléicos e dogma central. 2. Mutação, mecanismos de reparo e recombinação. 3. Princípios e aplicações das técnicas de DNA recombinante: isolamento de DNA e RNA, isolamento e clonagem de genes, reação em cadeia da polimerase, expressão de proteínas recombinantes, métodos de detecção direta e indireta de sequências de DNA para estudo de variação genética. 4. Organização genômica dos organismos eucariontes e procariontes. 5. Evolução molecular, tipos e taxas de mutação, relógio molecular e princípios da datação molecular. 6. Homologia de dados moleculares e alinhamento de sequências; aplicações da verossimilhança e inferência bayesiana para estudo da evolução molecular; modelos de substituição. 7. Inferências filogenéticas utilizando dados moleculares. 8. Aplicações de métodos comparativos filogenéticos para estudos microevolutivos e macroevolutivos. 9. Bancos de dados moleculares.
TPI: 4-0-8
Bibliografia:
Alberts, B.; Johnson, A.; Lewis, J.; Raff, M.; Roberts, K.; Walter, P. 2008. Molecular biology of the cell, 5 ed. Garland Science, New York.
Griffiths, A. J. F.; Wessler, S. R.; Lewontin, R. C.; Gelbart, W. M.; Suzuki, D. T. 2009. Introdução à genética, 9 ed. Guanabara Koogan, Rio de Janeiro.
Lewin, B. 2009. Genes IX. Editora Artmed, Porto Alegre.
Lodish, H.; Berk, A.; Matsudaira, P.; Kaiser, C. A.; Krieger, M.; Scott, M. P.; Zipursky, L.; Darnell, J. 2007. Molecular cell biology, 6 ed. W.H. Freeman, New York.
Nei, M. 2000. Molecular evolution and phylogenetics. Oxford University Press, New York.
Sambrook, J. 2012. Molecular cloning: a laboratory manual, 4ed. (3 Volume Set). Cold Spring Harbor Laboratory Press, US.
Voet, D.; Voet, J. D. Fundamentos de bioquímica, 3 ed. 2006. Artmed, Porto Alegre.
Watson, J. D.; Baker, T. A.; Bell, S. P.; Gann, A.; Levine, M.; Losick R. 2007. Molecular biology of the gene, 6 ed. Benjamin Cummings, Menlo Park.
EVD 113: Genômica comparada
Ementa:
Genomas de Bactéria, Archaea, Eucaria e Vírus. Estrutura e expressão gênicas comparadas para estudos de evolução. Aplicação de técnicas de bioinformática e softwares para estudos evolutivos em genômica, transcriptômica. proteômica, metabolômica e interactômica. Adaptação molecular funcional. 1.Comparação da organização genômica dos grupos Bacteria, Archea, Eucaria e vírus. 2. Estrutura e expressão gênica comparada, RNAs codantes e não codantes. 3. Adaptação, divergências e convergências moleculares. 4. Proteínas: sequência, função, modificações pós-traducionais, estrutura e interações moleculares. 5. Técnicas básicas de programação para estudos de bioinformática. 6. Transcriptômica, genômica e proteômica, metabolômica e interactômica, discussão de organismos modelos e práticas de bioinformática.
TPI: 4-0-8
Bibliografia:
Alberts, B.; Johnson, A.; Lewis, J.; Raff, M.; Roberts, K.; Walter, P. 2007. Molecular biology of the cell. Garland Science, New York.
Baxevanis, A. D.; Ouellette, B. F. F. 2004. Bioinformatics – a practical guide to the analysis of genes and proteins. John Wiley & Sons, Hoboken.
Gu, J.; Bourne, P. E. 2009. Structural bioinformatics. John Wiley & Sons, Hoboken.
Lehninger, A. L.; Nelson, D. L.; Cox, M. M. 2006. Princípios de bioquímica, 4. ed. Savier, São Paulo.
Lemey, P.; Salemi, M.; Vandamme, A-M. 2009. The phylogenetic handbook: a practical approach to phylogenetic analysis and hypothesis testing. Cambridge University Press, Cambridge.
Lesk, A. M. 2007. Introduction to genomics. Oxford University Press, New York.
Mushegian, A. R. 2007. Foundations of comparative genomics. Elsevier, Burlington.
Nei, M. 2000. Molecular evolution and phylogenetics. Oxford University Press, New York.
Petsko, G. A.; Ringe, D. 2003. Protein structure and function. Sinauer, Sunderland.
Sensen, C. W. 2005. Handbook of genome research: genomics, proteomics, metabolomics, bioinformatics, ethical & legal issues. Wiley-VHC, Weinhein.
EVD 114: Macroevolução: padrões e processos
Ementa:
Padrões e processos relacionados ao surgimento e evolução dos táxons superiores. O significado do registro fóssil para a compreensão da evolução. Mecanismos genéticos e geológicos que modulam a evolução da biota terrestre em escalas continental e macroevolutiva. 1- Histórico dos debates sobre padrões e processos macroevolutivos. 2- Escala de tempo geológico e significado do Tempo Profundo na Biologia Evolutiva. 3- Padrões de diversificação, registro paleontológico e seu significado para o estudo de dinâmicas macroevolutivas. 3- Extinções em massa e suas causas. 4- Importância dos processos tectônicos e climáticos globais na dinâmica da evolução da Biota terrestre. 5- Taxas evolução, de especiação e extinção de grandes grupos taxonômicos. 6- Principais eventos na história da terra e suas relações com a história das linhagens de organismos. 7- Processos genéticos relacionados ao surgimento de novidades evolutivas importantes do ponto de vista macroevolutivo. 8-Equilíbio pontuado e gradualismo filético.
TPI: 4-0-8
Bibliografia:
Foote, M.; Miller, A. I. 2007. Principles of paleontology, 3 ed. W. H. Freeman, New York.
Freeman, S.; Herron, J. C. 2009. Análise evolutiva, 4 ed. Artmed, Porto Alegre.
Futuyma, D. J. 2005. Evolution. Sinauer, Sunderland.
Gould, S. J. 2002. The structure of evolutionary theory. Belknap Press of Harvard University Press, Cambridge.
Levinton, J. S. 2004. Genetics, paleontology, and macroevolution. Cambridge University Press.
Ridley, M. 2006. Evolução. 3 ed. Artmed, Porto Alegre.
Ruse, M.; Travis, J. 2009. Evolution: the first four billion years. Belknap Press of Harvard, Cambridge.
EVD 120: Biogeografia evolutiva
Ementa:
Introdução e história da Biogeografia. Distribuição geográfica. Obtenção de dados de distribuição geográfica e confecção de mapas. Nicho ecológico e distribuição geográfica. Modelagem de Distribuição de Espécies (SDM). Macroecologia; caracteres e diversidade no espaço. Endemismo e Regionalização. Análise de Parcimônia de Endemicidade (PAE) e Análise de Elementos Bióticos (BE). Princípios de Sistemática e Biogeografia Histórica de Padrões.Análise de Parcimônia de Brooks (BPA). Biogeografia Histórica de Processos. Análise de Dispersão-Vicariância (DIVA) e modelos paramétricos (BioGeoBears). Biogeografia da Conservação.
TPI: 2-2-8
Bibliografia:
AVISE, J. C. 2000. Phylogeography: The History and Formation of Species. Cambridge, Harvard University Press.
CARVALHO, C. J. B.; ALMEIDA, E. A. B. 2016. Biogeografia da América do Sul. Análise de Tempo, Espaço e Forma. 2a edição.
CRISCI, J. V.; KATINAS, L.; POSADAS, P. 2003. Historical Biogeography: An Introduction. Cambridge: Harvard University Press.
FRANKLIN, J. 2009. Mapping species distribution: spatial inference and prediction. Cambridge University Press.
GASTON, K.; BLACKBURN, T. 2000. Pattern and Process in Macroecology. Malden, Blackwell Publishing.
GUISAN, A.; THUILLER, W.; ZIMMERMANN, N. E. Habitat Suitability and Distribution Models: With Applications in R. 2017. Cambridge University Press, Cambridge.
LADLE, R. J. & WHITTAKER, R. J. 2011. Conservation biogeography. Wiley–Blackwell.
LOMOLINO, M. V.; RIDDLE, B. R.; WHITTAKER, R. J. 2016. Biogeography. Fifth Edition. Sunderland: Sinauer Associates.
MATZKE, N. J. 2013. Probabilistic Historical Biogeography: New models for founder-event speciation, imperfect detection, and fossils allow improved accuracy and model-testing. Department of Integrative Biology, University of California, Berkeley. August 2013. Order No. 3616487, ProQuest Dissertations and Theses, pp. 1-240. Open-access at: http://search.proquest.com/docview/1526024556 MORRONE, J. J. 2009. Evolutionary Biogeography: an integrative approach with case studies. New York: Columbia University press.
PARENTI, L. R.; EBACH, M. C. 2009. Comparative Biogeography. Discovering and classifying biogeographical patterns of a dynamic Earth. Berkeley: University of California Press.
PETERSON, A. T.; SOBERÓN, J.; PEARSON, R. G.; ANDERSON, R. P.; MARTÍNEZ- MEYER, E.; NAKAMURA, M.; ARAÚJO, M. B. 2011. Ecological Niches and Geographic Distributions.
NELSON, G.; PLATNICK, N. I. 1981. Systematics and biogeography: cladistics and vicariance. Columbia University Press, New York.
(E artigos em PDF para discussão distribuídos antes e/ou ao longo do curso)
EVD 121: Biologia evolutiva das plantas
Ementa:
A origem das plantas, a diversificação nos diversos grupos e o impacto na vida do planeta. 1 – Origem dos organismos fotossintetizantes. 2 – Os genomas vegetais e a evolução dos caracteres nos grupos vegetais. 3 – Sistemática de plantas I – “algas” (Glaucophyta, Rhodophyta, Chlorophyta) e “briófitas” (Marchantiophyta, Anthocerophyta e Bryophyta). 4 – Sistemática de plantas II – Vasculares (Lycophyta, Monilophyta, Gimnospermas e os grupos fósseis). 5 – Sistemática de plantas III – enfoque especial em angiospermas (novidades evolutivas e principais grupos). 6 – Conceitos de espécies em plantas & especiação (tipo de especiação: alopátrica, parapátrica e simpátrica). 7 – Especiação em plantas I: biologia reprodutiva (sistemas reprodutivos – sistemas sexuais e a incompatibilidade genética em plantas & reprodução assexuada). 8 – Especiação em plantas II: biologia da polinização. 9 – Especiação em plantas III: Hibridação e rearranjos cromossômicos. 10 – Especiação em plantas IV: Variações de tamanho de genoma (famílias de DNA satélite e transposon). 11 – Especiação e macroevolução – taxas de especiação e extinção. 12 – Como as plantas impactaram a vida no planeta?
TPI: 4-0-8
Bibliografia:
APG IV. 2016. An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants:
APG IV. Botanical Journal of the Linnean Society 141:399–436.
Coyne, J. A.; Orr, H. A. 2004. Speciation. Sinauer, Sunderland.
Gregory T. G. 2005. The evolution of the genome. 1ed. Elsevier Academic Press. London.
Judd, W. S.; Campbell, C. S.; Kellogg, E. A.; Stevens, P. F.; Donoghue M.J. 2009. Sistemática vegetal: um enfoque filogenético. 3ed. Artmed, Porto Alegre.
Levin D. A. 2002. The role of chromosomal change in plant evolution. 1ed. Oxford University Press. Oxford.
Rech A. R., Agostini K., Oliveira P. E., Machado I. C. 2014. Biologia da polinização. Editora Projeto Cultural. Rio de Janeiro.
Simpson, M. G. 2006. Plant systematics. Elsevier, Amsterdam.
Soltis D. E.; Soltis P. E.; Endress P. K.; Chase M. W. 2005. Phylogeny and evolution of angiosperms. Sinauer, Sunderland.
Willis K. J., McElwain J. C. 2014. The evolution of plants. 2ed. Oxford University Press. Oxford.
EVD 116: Tópicos em evolução e diversidade I
Ementas:
As disciplinas Tópicos em Evolução e Diversidade serão disciplinas de ementa aberta, que poderão ser utilizadas para o oferecimento de uma série de disciplinas mais específicas relacionadas às áreas de atuação dos docentes, a critério do programa e em vista da demanda por parte dos alunos. Já foram discutidas e elaboradas ementas para o oferecimento dos seguintes tópicos pelos docentes do programa: Taxonomia, Bioquímica Comparada, Ecofisiologia Vegetal, Ecologia de Zoonoses Brasileiras Emergentes.
TPI: 4-0-8